Vaikka tunnustamista koskevat ilmoitukset vastaanotetaan ja tietoja käsitellään myös neuvoloissa ja lastenvalvojilla, ennakkotunnustamisrekisterin tiedonhallinnasta ja tietojenkäsittelystä vastaava tiedonhallintayksikkö, rekisterinpitäjä ja arkistonmuodostaja olisi Ahvenanmaalla Ahvenanmaan valtionvirasto ja muualla Suomessa Digi- ja väestötietovirasto.
Ehdotetussa toimintamallissa tietojenkäsittelyyn liittyvät tietosuojariskit pienenevät, koska ennakkotunnustamista koskevia asiakirjoja ei enää postitettaisi kuntien sisällä neuvoloiden ja lastenvalvojien välillä, vaan ne lähetettäisiin neuvoloista suoraan Digi- ja väestötietovirastolle. Ennakkotunnustamista koskevien tietojen käsittelyä varten luodaan sähköinen vanhemmuuden tunnustamisen tietojärjestelmä, joka otetaan valtakunnalliseen käyttöön Ahvenanmaata lukuun ottamatta. Digi- ja väestötietovirasto vastaa ennakkotunnustamistietojärjestelmän suunnittelusta ja keskeisten päättelylogiikkaa vaativien toiminnallisten elementtien toteuttamisesta sekä järjestelmän koulutuksesta ja neuvonnasta. Allekirjoittamista vaativat asiakirjat jouduttaisiin kuitenkin ainakin ensi vaiheessa postittamaan ensin Digi- ja väestötietovirastoon, mutta asiakkaiden sähköisen allekirjoituksen mahdollistavien teknisten työkalujen kehittyessä tästäkin arvioidaan voitavan tulevaisuudessa luopua. Sähköistä ennakkotunnustamisjärjestelmää ei kuitenkaan ainakaan ensi vaiheessa otettaisi käyttöön Ahvenanmaalla, missä asiakirjojen käsittely säilyisi manuaalisena. Myös Ahvenanmaalla tietojen käsittelyyn sisältyvät tietoturvallisuusriskit kuitenkin pienenevät, koska ennakkotunnustamista koskevia asiakirjoja ei Ahvenanmaallakaan jatkossa kierrätettäisi lastenvalvojien kautta, jos tunnustaminen on vastaanotettu neuvolassa.
Tiedonhallintalaissa säädetyt tietoturvallisuusvaatimukset on arvioitu riittäviksi Digi- ja väestötietoviraston toimialueella, eikä kohdealueen ole arvioitu edellyttävän yksityiskohtaisempaa tietoturvallisuuden sääntelyä. Tiedonhallintalain 3 §:n 5 momentin mukaan tiedonhallintalakia ei sovelleta Ahvenanmaan valtionvirastoon. Ahvenanmaan valtionvirasto kuitenkin vastaa ennakkotunnustamisrekisterin rekisterinpitäjänä rekisteröityjen tietosuojasta ja tietoturvallisuuden toteutumisesta tietosuoja-asetuksen edellyttämällä tavalla.
Perhe-elämää koskevat tiedot ovat viranomaisten toiminnasta annetun lain 24 §:n 1 momentin 32 kohdan mukaan salassa pidettäviä ja näin ollen luonteeltaan arkaluonteisia, joten niiden käsittelystä ja säilyttämisestä on perusteltua säätää laissa erikseen. Tietosuoja-asetuksen mukaisen säilytyksen rajoittamista koskevan periaatteen nojalla tietoja tulee käsitellä ainoastaan niin kauan kuin on tarpeen tietojenkäsittelyn tarkoitusten toteuttamista varten. Näin ollen tiedot tulisi poistaa heti kun tietoja ei enää tarvita. Vanhemmuuslain 67 §:n 3 momentissa ehdotetaan säädettäväksi, että tietoja säilytetään ennakkotunnustamisrekisterissä vain siihen asti, kunnes vanhemmuuden vahvistamista koskeva asia on ratkaistu asian taikka se on rauennut tai siirretty. Eri tilanteissa kyseeseen tulevia päätöksentekotilanteita käydään tarkemmin läpi ehdotetun 67 §:n säännöskohtaisissa perusteluissa. Tämän jälkeen tiedot poistetaan rekisteristä ja arkistoidaan. Vahvistettua vanhemmuutta koskevista tiedoista, jotka on viety väestötietojärjestelmään, säädetään väestötietojärjestelmästä ja Digi- ja väestötietoviraston varmennepalveluista annetun lain 20 §:ssä. Nämä tiedot säilytetään pysyvästi.
Vanhemmuuslain 67 §:n 2 momentissa ehdotetaan säädettäväksi ennakkotunnustamisrekisterissä käsiteltävistä tiedoista. Tunnustamisen vastaanottanut neuvolan terveydenhoitaja tai kätilö taikka lastenvalvoja saa tallentaa tunnustajan ja tunnustamisen hyväksyjän nimen, henkilötunnuksen, tiedon asiakirjasta, josta henkilöllisyys on todettu, puhelinnumeron, sähköpostiosoitteen, kotikunnan, tunnustamislausuman tai hyväksymislausuman, hyväksyjän siviilisäädyn sekä syntyvien lasten arvioidun lukumäärän ja lapsen arvioidun syntymäajan. Lisäksi hän tallentaa rekisteriin mahdollisesta hedelmöityshoitotodistuksesta ilmenevät tiedot, oman nimensä, tehtävänimikkeensä, yhteystietonsa sekä työnantajansa nimen. Rekisteriin voidaan lisäksi tallentaa myös sellaisia muita välttämättömiä tunnustamistapahtumaa tai sen osapuolia koskevia tietoja, jotka eivät ole salassa pidettäviä, kuten asiankäsittelyjärjestelmään kirjattavia loki- ja tapahtumatietoja.
Tiedonsaantioikeuksista ehdotetaan säädettäväksi vanhemmuuslain 67 §:n 4 momentissa. Sen mukaan tiedonsaantiin sovelletaan ensisijaisesti viranomaisten toiminnan julkisuudesta annettua lakia, jonka lisäksi Digi- ja väestötietovirastolla, Ahvenanmaan valtionvirastolla ja sosiaalihuollon viranomaisella on oikeus salassapitosäännösten ja muiden tiedonsaantia koskevien rajoitusten estämättä saada lapsen vanhemmuuden selvittämiseen tai vahvistamiseen liittyvien tehtäviensä hoitamiseksi välttämättömät tiedot ennakkotunnustamisrekisteristä. Momentin säännöskohtaisissa perusteluissa on erikseen perusteltu kunkin mainitun viranomaisen oikeus tiedonsaantiin ennakkotunnustamisrekisterissä oleviin tietoihin.
Ehdotetun sääntelyn voidaan katsoa olevan yleisen edun mukainen ja ehdotetut käsittelyä tarkasti määrittävät säännökset huomioon ottaen oikeasuhtainen sillä tavoiteltuun oikeutettuun päämäärään nähden siten kuin tietosuoja-asetuksen 6 artiklan 3 kohdassa edellytetään. Sääntelyssä on otettu huomioon myös julkisen hallinnon tiedonhallinnasta annettu lainsäädäntö ja Suomen perustuslaki.