Johtokunta nimittää viraston johtajan, joka vastaa tuomioistuinhallituksen päivittäisestä johtamisesta johtokunnan ohjeiden mukaisesti.
Koko tuomioistuinlaitoksen budjetti on noin 240 miljoonaa euroa, josta tuomioistuinhallituksen osuus on noin 10 miljoonaa euroa. Tuomioistuinhallituksen henkilöstömäärä on 90—95.
Alankomaissa yleisiä tuomioistuimia ovat korkein oikeus, neljä ylioikeutta ja 11 alioikeutta. Alioikeudet käsittelevät yleensä siviili-, rikos- ja hallintolainkäyttöasioita. Korkeimman oikeuden toimivaltaan kuuluvat siviili- ja rikosasioiden lisäksi veroasiat. Korkein oikeus ei kuulu Tuomioistuinviraston toiminnan piiriin. Yleisiä hallintotuomioistuimia ei ole, mutta osaan alioikeuksien tekemistä päätöksistä haetaan muutosta hallintolainkäytön erityistuomioistuimelta, joita on kaksi. Lisäksi Raad van State käyttää ylintä tuomiovaltaa useimmissa hallinto-oikeudellisissa asioissa. Raad van Staten neuvoa-antavalla osastolla on lisäksi hallituksen lakiehdotusten tarkastukseen liittyvä neuvoa-antava tehtävä. Se ei kuulu tuomioistuinneuvoston alaisuuteen.
Tuomioistuinneuvosto (Raad voor de rechtspraak, jäljempänä neuvosto) on perustettu vuonna 2002. Neuvoston lakisääteisinä tehtävinä on valmistella oikeusministeriölle tuomioistuinlaitoksen budjetti, jakaa määrärahat tuomioistuimille ja valvoa tuomioistuimia määrärahojen käytössä, huolehtia tuomioistuinten IT-, toimitila- ja henkilöstöhallinnon tehtävistä, edistää ja tukea tuomioistuinten lainkäyttötoiminnan laatua ja yhdenmukaista lainsoveltamista sekä toimia lainsäädäntötyössä oikeusministeriön neuvoa-antavana elimenä. Neuvosto voi myös edustaa tuomioistuinlaitosta toimialaansa kuuluvissa asioissa sekä osallistua tuomioistuinlaitoksen strategian kehittämiseen.
Neuvoston ylin päättävä elin on nelihenkinen päätoiminen johtokunta, jonka kuningas nimittää kuuden vuoden määräajaksi oikeusministeriön esityksestä. Ennen jäsenen nimitystä ministeri laatii ehdokkaista enintään kuusi nimeä käsittävän listan ja lähettää sen erityiselle nimityskomitealle, joka suosittaa listalta ministerille enintään kolmea ehdokasta. Nimityskomiteaan kuuluvat tuomioistuinten presidenttien edustaja, tuomariliiton edustaja, tuomioistuinten edustajiston jäsen, tuomioistuinten johtokuntien ei-juristijäsenten edustaja ja oikeusministerin nimeämä edustaja.
Johtokunta nimittää neuvoston johtajan. Johtaja vastaa neuvoston päivittäisestä toiminnasta.
Neuvoston neuvoa-antavana elimenä toimii tuomioistuinten tuomareista ja muusta henkilöstöstä koostuva lakisääteinen edustajisto. Neuvosto keskustelee tuomioistuinlaitosta koskevista asioista myös tuomioistuinten presidenttien muodostaman edustajiston kanssa.