Lisäksi erityisesti asianajajien edustus ja julkishallinnon johtamisen asiantuntijan jäsenyys kyseenalaistettiin. Toisaalta käräjäoikeudet toivat laajasti esille, että niiden edustuksen tulisi olla johtokunnassa muita tuomioistuimia vahvempi, koska tuomioistuinviraston tehtävät painottuvat voimakkaasti käräjäoikeuksiin jo yksinomaan siitä syystä, että niitä on määrällisesti eniten. Lähes yksimielisiä oltiin kuitenkin siitä, että tuomioistuinlaitoksen riippumattomuuden vuoksi on välttämätöntä, että ylin päätösvalta virastossa on tuomarienemmistöisellä johtokunnalla.
Osa lausunnonantajista piti ehdotettua nimeämismenettelyä epämääräisenä ja monimutkaisena. Vaihtoehdoksi esitettiin jo toimikunnassa arvioitua menettelyä, jossa korkein oikeus ja korkein hallinto-oikeus huolehtisivat ehdokasasettelusta kaikkien tuomarijäsenten osalta. Toisaalta jotkut lausunnonantajat katsoivat, että tuomarinvalintalautakunnan tulisi nimetä ehdokkaat tuomarijäseniksi. Korkeimmat oikeudet tai tuomarinvalintalautakunta eivät kuitenkaan katsoneet näiden tehtävien luontevasti kuuluvan niille.
Useissa lausunnoissa katsottiin, että ylijohtajan virkaan valittavalta tulisi ylemmän korkeakoulututkinnon sijaan edellyttää ylempää oikeustieteellistä korkeakoulututkintoa. Tällä kannalla olivat muun muassa useat tuomioistuimet, Suomen Lakimiesliitto ry ja Suomen tuomariliitto ry. Vaatimusta perusteltiin muun muassa Tuomioistuinviraston tehtävillä ja asemalla. Useissa lausunnoissa katsottiin, että ylijohtajan kelpoisuusvaatimusten tulisi vastata muiden oikeusministeriön hallinnonalan keskusviranomaisten päälliköiden kelpoisuusvaatimuksia. Valtakunnansyyttäjältä ja valtakunnanvoudilta edellytetään ylempää oikeustieteellistä korkeakoulututkintoa. Toisaalta useat lausunnonantajat pitivät toimikunnan tavoin perusteltuna sitä, että ylijohtajalta ei edellytetä oikeustieteellistä tutkintoa.
Oikeusministeriö kuuli jatkovalmistelussa erityisesti Tuomioistuinvirastolle siirtyvien tehtävien ja niihin sitoutuvien resurssien selvittämiseksi oikeusministeriön oikeushallinto-osaston kaikkia yksiköitä, eräitä oikeusministeriön erillisyksiköitä ja kriminaalipoliittista osastoa, oikeudenkäyntiavustajalautakuntaa, tuomarinvalintalautakuntaa, tuomarinkoulutuslautakuntaa sekä Valtakunnansyyttäjänvirastoa ja Valtakunnanvoudinvirastoa.
Toimikunnan mietinnöstä saadun lausuntopalautteen ja kuulemisten perusteella jatkovalmistelussa tehdyt muutokset toimikunnan ehdottamaan nähden on esitetty tarkemmin edellä toteuttamisvaihtoehtoja koskevassa kohdassa 3.2.
Oikeusministeriö pyysi toukokuussa 2018 lausuntoa luonnoksesta hallituksen esitykseksi Tuomioistuinviraston perustamista koskevaksi lainsäädännöksi. Lausunnonantajia pyydettiin ottamaan erityisesti kantaa niihin ehdotuksiin, jotka poikkesivat toimikunnan esittämästä. Näitä olivat esityksen kohdassa 3.2 tarkemmin esitetyt Tuomioistuinviraston johtokunnan kokoonpanoa ja nimeämismenettelyä, eräitä viraston tehtäviä, ylijohtajan kelpoisuusvaatimuksia sekä tuomarinvalintalautakunnan ja tuomarinkoulutuslautakunnan asemaa koskevat ehdotukset. Lisäksi esitykseen on yhdistetty eräitä muita muutoksia, joihin myös pyydettiin ottamaan kantaa.
Eniten huomiota herättivät kysymykset tuomareiden virkaehtosopimuksiin sekä tuomioistuinten virkojen perustamiseen, lakkauttamiseen ja siirtämiseen liittyvän toimivallan säilyttämisestä oikeusministeriöllä sekä Tuomioistuinviraston ylijohtajan kelpoisuusvaatimuksista. Kumpaankin kysymykseen tuli runsaasti sekä kannattavia että vastustavia lausuntoja. Virkaehtosopimuksiin sekä virkoihin liittyvän toimivallan säilyttämistä oikeusministeriöllä vastustivat esimerkiksi ylimmät laillisuusvalvojat, useat hovioikeudet sekä useat käräjäoikeudet. Osa lausunnonantajista katsoi, että koska ylin strateginen ja taloudellinen ohjaus säilyy oikeusministeriöllä, on siten perusteltua, että se myös päättää virkojen perustamisesta ja niiden palkkauksesta. Lisäksi arvioitiin, että toimivallan pidättäminen ministeriöllä on sopusoinnussa hallitusvallan käyttöä koskevien valtiosääntöperiaatteiden kanssa. Pidettiin myös tärkeänä, että virkaehtosopimus- ja neuvottelutoiminnasta huolehditaan keskitetysti kokonaisuutena. Toisaalta osa taas arvioi ehdotuksen olevan osittain vastoin Tuomioistuinviraston perustamisen tavoitteista, koska sen nähtiin vähentävän Tuomioistuinviraston perustamisen tosiasiallista merkitystä tuomioistuinten riippumattomuuden turvaajana. Edelleen arvioitiin, että koska Tuomioistuinviraston tehtävänä on huolehtia tuomioistuinlaitoksen toimintaedellytyksistä, sillä tulee olla mahdollisuus päättää tarvittavista resursseista mahdollisimman laajasti. Valtaosa lausunnonantajista kuitenkin katsoi, että ehdotus voidaan hyväksyä väliaikaisena ratkaisuna, jonka jälkeen toimivalta siirretään Tuomioistuinvirastolle.