Esityksen mukaan perustettavassa virastossa tulisi olla vähintään 45 henkilötyövuotta. Tämä henkilöstömäärä riittäisi turvaamaan tuomioistuinlaitoksen keskushallintotehtävien tyydyttävän hoitamisen, mutta mitoitus ei kuitenkaan olisi riittävä tuottamaan tuomioistuimille kaikkia tarpeellisia palveluita, kuten erilaisia neuvonta- ja kielipalveluja. Viraston henkilöstömäärää voi olla tarpeen myöhemmin lisätä tehtävien lisääntyessä. Todettakoon, että henkilöstömäärässä ei ole mukana tuomarinvalinta- tai tuomarinkoulutuslautakunnan sihteeristöjä eikä tietojärjestelmien kehittämisestä vastaavia AIPA- tai HAIPA-hanketoimistoja.
Virasto voitaisiin organisoida Tuomioistuinviraston tehtävien mukaisesti esimerkiksi hallintoyksikköön, talousyksikköön ja kehittämisyksikköön. Tämä vastaisi sitä organisaatiorakennetta, joka on omaksuttu muissa pohjoismaissa ja Alankomaissa. Virasto kuitenkin itse päättäisi omasta organisaatiostaan laissa asetetuissa rajoissa. Sillä, miten toiminnot jakautuvat eri yksiköiden välillä, ei ole ratkaisevaa merkitystä viraston henkilöstömäärän kannalta. Lopullinen organisaatiorakenne muodostuu vasta virastoa perustettaessa.
Tuomioistuinvirasto olisi asiantuntijaorganisaatio. Näin ollen virkarakenteen tulisi olla asiantuntijapainotteinen. Virkarakenteen arvioinnissa on pidetty lähtökohtana, että henkilöstössä (johto pois lukien) olisi noin kaksi kolmannesta asiantuntijoita ja yksi kolmannes avustavaa henkilöstöä. Koska virasto tarvitsee oman henkilöstön erilaisiin palvelu- ja tukitehtäviin, hallintohenkilöstön määrä olisi jo tästä syystä suurempi kuin nykyisin oikeusministeriössä, jolle yleiset palvelut tuotetaan osana valtioneuvostoa. Tuomioistuinviraston virkarakenteessa tulisi kiinnittää huomiota myös kielellisten oikeuksien toteutumiseen ja siten huolehtia siitä, että Tuomioistuinvirastossa on riittävästi sekä suomen- että ruotsinkielentaitoista henkilöstöä.
Tuomarinvalintalautakunta ja tuomarinkoulutuslautakunta toimisivat edelleenkin itsenäisinä lautakuntina, jotka valtioneuvosto asettaa. Koska tuomarinkoulutukseen liittyvät tehtävät siirtyisivät oikeusministeriöstä Tuomioistuinvirastolle, virasto ja tuomarinkoulutuslautakunta toimisivat läheisessä yhteistyössä. Käytännön syistä on tarkoituksenmukaista, että nämä kaksi lautakuntaa voisivat hyödyntää viraston palveluja, kuten toimitiloja ja sihteerityövoimaa. Näin ollen perusteltua olisi, että lautakuntien sihteeristöt toimisivat Tuomioistuinviraston yhteydessä. Lautakunnat kuitenkin nimittäisivät itse sihteerinsä ja mahdolliset sivutoimiset esittelijänsä. Tuomioistuinvirasto huolehtisi lautakuntien muiden sihteeripalveluiden järjestämisestä ja voisi osoittaa henkilöstöään lautakunnan tehtävien, kuten esimerkiksi koulutussuunnittelua, varten.
Lakivaliokunta on tuomioistuinlakia koskevasta hallituksen esityksestä (HE 7/2016 vp) antamassaan mietinnössä (LaVM 8/2016 vp) käsitellyt esitetyn tuomarien koulutusjärjestelmän suhdetta perustettavan Tuomioistuinviraston tehtäviin. Valiokunta on pitänyt ehdotettua järjestelmää toteuttamiskelpoisena mutta myös pitänyt tärkeänä, että mahdollisuudet organisoida se osaksi Tuomioistuinvirastoa selvitetään. Asiaa valmisteltaessa on päädytty siihen, että tuomioistuinlailla toteutettua järjestelmää ei ole syytä muuttaa Tuomioistuinviraston perustamisen vuoksi. Viraston perustaminen merkitsee tältä osin erityisesti sitä, että oikeusministeriölle kuuluvat koulutustehtävät siirtyvät virastolle mutta että koulutuslautakunnan asemaa ja tehtäviä ei ainakaan tässä vaiheessa muuteta. Eduskunnan tuomioistuinlain säätämisen yhteydessä edellyttämällä tavalla oikeusministeriö seuraa tuomareiden koulutusta koskevan uudistuksen toimivuutta ja vaikutuksia tarkoituksenaan antaa asiasta selvitys eduskunnalle vuosina 2020 ja 2023. Näin ollen asiaan voidaan palata, kun järjestelmän toimivuudesta sekä lautakunnan ja viraston yhteistyöstä on saatu kokemuksia.
Edellä toteuttamisvaihtoehtoja koskevassa kohdassa todetulla tavalla Tuomioistuinvirasto huolehtisi lautakuntien tulosohjauksesta ja tekisi niiden määrärahoja koskevat kehys- ja talousarvioesitykset osana tuomioistuinlaitosta.
Lautakunnat kuuluisivat edelleenkin oikeusministeriön toimialaan. Niiden asettamiseen ja kokoonpanon muuttamiseen liittyvät esittelytehtävät säilyisivät jatkossakin oikeusministeriöllä. Tuomioistuimia vastaavasti, oikeusministeriölle kuuluisi myös lautakuntia koskevat virkaehtosopimusasiat. Tuomioistuinvirasto puolestaan päättäisi lautakunnan henkilöstön virkoja koskevista virkajärjestelyasioista. Lautakunnat voisivat työjärjestyksissään antaa tarkempia määräyksiä henkilöstön tehtävistä ja kelpoisuusvaatimuksista.