Tuomioistuinvirasto päättäisi omien virkojensa järjestelemisestä valtion virkamiesasetuksen 3 §:n 1 momentin mukaisesti. Sen perusteella Tuomioistuinvirasto voi itse päättää virkojensa perustamisesta, lakkauttamisesta ja muuttamisesta. Tuomioistuinvirasto voisi myös päättää viran siirtämisestä viraston sisällä eri yksikköjen välillä. Päätösvalta näissä asioissa kuuluisi ylijohtajalle, jollei päätösvaltaa ole siirretty muulle virkamiehelle. Ylijohtajan virka kuitenkin perustetaan, lakkautetaan ja muutetaan virkamiesasetuksen 2 §:n 2 momentin mukaisesti oikeusministeriön päätöksellä.
Koska tuomioistuinten henkilöstöä koskeva palkkatoimivalta säilyisi oikeusministeriöllä, se päättäisi henkilöstön erilaisista palkkioista ja korvauksista. Lautamiehille ja asiantuntijajäsenille maksettavien korvausten ja palkkioiden perusteista päättäminen on kuitenkin perusteltua osoittaa Tuomioistuinvirastolle. Tästä toimivallasta säädettäisiin laissa.
Edellä todetulla tavalla Tuomioistuinviraston päivittäisestä toiminnasta vastaisi Tuomioistuinviraston johtokunnan nimittämä ylijohtaja. Ylijohtaja olisi valtion virkamieslain 26 §:n 1 momentin 4 kohdassa tarkoitettu ministeriön alaisen keskusviraston johtaja. Näin ollen Tuomioistuinviraston perustamista valmistelleen toimikunnan ehdotus oli, että Tuomioistuinviraston ylijohtajan kelpoisuusvaatimukset olisivat samat kuin muilla sanotussa lainkohdassa tarkoitetuilla ministeriön alaisten keskusvirastojen johtajilla. Valtion virkamieslain 8 §:n 2 momentin mukaan kelpoisuusvaatimukset tällaiseen virkaan ovat ylempi korkeakoulututkinto, tehtävän edellyttämä monipuolinen kokemus, käytännössä osoitettu johtamistaito sekä johtamiskokemus. Toimikunta ei siis ehdottanut, että Tuomioistuinviraston ylijohtajalta edellytettäisiin oikeustieteellistä ylempää korkeakoulututkintoa. Toimikunta piti perusteltuna, että viraston ylijohtaja voisi olla myös muu kuin tuomaritaustainen henkilö. Tuomioistuinten tuntemus viraston johdossa turvattaisiin jo sillä, että virastossa ylintä päätösvaltaa käyttävä johtokunta olisi tuomarienemmistöinen.
Vaihtoehtona on esitetty, että ylijohtajan virkaan valittavalta edellytettäisiin ylempää oikeustieteellistä korkeakoulututkintoa. Tätä on perusteltu muun muassa Tuomioistuinviraston tehtävillä ja asemalla.
Tuomioistuinviraston tehtävät edellyttävät, että ylijohtajalla on hyvä tietämys ja tuntemus Suomen oikeusjärjestelmästä ja kyky ymmärtää ja hallita vaativia ja laajoja oikeudellisia kysymyksiä. Oikeustieteen maisterin tutkinnon voidaan arvioida antavan parhaat valmiudet oikeudellista asiantuntemusta edellyttäviin tehtäviin ja tällaisten tehtävien vaatimien erityistietojen hankkimiseen. Myös muilta oikeusministeriön keskushallintoviranomaisten päälliköiltä eli valtakunnansyyttäjältä ja valtakunnanvoudilta edellytetään ylempää oikeustieteellistä korkeakoulututkintoa.
Edellä todetun perusteella on päädytty pitämään perusteltuna, että ylijohtajalta edellytetään oikeustieteen muuta ylempää korkeakoulututkintoa kuin kansainvälisen ja vertailevan oikeustieteen maisterin tutkintoa. Varteenotettavia hakijoita ylijohtajan virkaan olisivat esimerkiksi tuomioistuinlaitoksen johtotehtävissä, eri ministeriöissä tai muissa valtionhallinnon virastoissa johtamistehtävissä toimineet henkilöt tai yksityisen sektorin lakimiehet.
Tuomioistuinvirastotoimikunta ei esittänyt muutoksia tuomarinvalintalautakunnan tai tuomarinkoulutuslautakunnan asemaan, vaan nämä lautakunnat olisivat edelleenkin itsenäisiä. Toimikunta arvioi kuitenkin käytännön toiminnan järjestämisen kannalta olevan perusteltua, että lautakuntien sihteeristöt toimisivat Tuomioistuinviraston yhteydessä. Lausunnonantajat pitivät toimikunnan ehdotuksia perusteltuina.