Myös Tuomioistuinviraston ylijohtajan kelpoisuusvaatimukset herättivät keskustelua. Monet lausunnonantajista katsoivat, että ylijohtajalta tulisi edellyttää oikeustieteellistä tutkintoa, sillä se takaisi tarpeellisen tietämyksen oikeuslaitoksesta ja oikeusjärjestyksestä sekä tuomarin riippumattoman aseman sisäistämisestä. Toisaalta useat lausunnonantajat vastustivat ehdotusta ja katsoivat, että ylijohtajan kelpoisuusvaatimukset tulisivat olla avoimet. Arvioitiin, että ylijohtajan tehtävä edellyttää ensisijaisesti valtion talousarvion valmisteluun, julkisten organisaatioiden toimintaperiaatteisin ja strategiseen johtamiseen liittyvää pätevyyttä, joissa voi pätevöityä muukin kuin oikeustieteellisen tutkinnon suorittanut henkilö. Lausunnonantajien mukaan ylijohtajaa ei myöskään voi rinnastaa valtakunnansyyttäjään tai valtakunnanvoutiin. Osa lausunnonantajista ehdotti, että oikeustieteellinen tutkinto voitaisiin kirjata ensisijaiseksi tutkintovaatimukseksi, mutta virkaan voitaisiin valita myös muun soveltuvan ylemmän korkeakoulututkinnon suorittanut hakija, joka omaa riittävän tuomioistuintoiminnan tuntemuksen.
Suurin osa lausunnonantajista kannatti asianajajajäsenen jättämistä pois Tuomioistuinviraston johtokunnasta. Lausunnonantajien mukaan sidosryhmien asiantuntemusta ja käyttäjänäkökulmaa voidaan tarvittaessa hankkia muullakin tavoin. Suurin osa lausunnonantajista kannatti myös muutosta viraston johtokunnan nimeämismenettelyyn tuomioistuinten muuta henkilöstöä edustavan jäsenen osalta. Ehdotuksen katsottiin poistavan intressiristiriitaongelmat, joita voisi liittyä suoraan järjestöjen nimeämiin johtokunnan jäseniin. Kaikki lausunnonantajat kannattivat tuomarinvalintalautakunnan ja tuomarinkoulutuslautakunnan sihteeripalveluiden järjestämistä ehdotetulla tavalla. Lausunnonantajilla ei ollut erityistä huomautettavaa esityksen muihin ehdotuksiin, jotka koskivat päällikkötuomarin oikeutta nimittää käräjänotaari ja asessori keskeytynyttä koulutusjaksoa vastaavaksi ajaksi sekä hallintojohtajan nimikkeen lisäämistä tuomioistuinlakiin.
Lausunnoissa kiinnitettiin huomiota erityisesti myös hallituksen esityksen taloudellisiin vaikutuksiin, Tuomioistuinviraston resurssien riittävyyteen sekä oikeusministeriön, Tuomioistuinviraston ja tuomioistuinten välisen toimivallanjaon selkeyteen. Osa lausuntopalautteessa esitetyistä huomioista, kuten tuomioistuimista virastolle mahdollisesti keskitettävien tehtävien laajuus sekä eri toimijoiden välisen yhteistyön ja tehtävienjaon järjestäminen, ovat sellaisia, että ne kuuluvat perustettavan viraston päätösvaltaan eikä niihin siten voida vielä tässä vaiheessa ottaa yksiselitteisesti kantaa. Hallituksen esitystä on lausuntopalautteen perusteella täsmennetty esimerkiksi vaikutusarvioinnin osalta. Lausunnonantajien esittämät yksityiskohtaiset tarkistusehdotukset on pääosin otettu huomioon esityksessä.
Esitys liittyy valtion vuoden 2020 talousarvioon. Tuomioistuinviraston toimintamenoista valtaosa olisi henkilöstömenoja. Lisäksi kustannuksia syntyisi muun muassa toimitiloista ja johtokunnan jäsenten palkkioista. Huomioiden oikeusministeriöstä Tuomioistuinvirastolle siirtyvät henkilöstöresurssit, viraston toimintamenoihin vaadittava lisäpanostus olisi arviolta ainakin noin kaksi miljoonaa euroa vuodessa. Tästä 1,7 miljoonaa euroa on otettu huomioon Julkisen talouden suunnitelmassa vuosille 2019–2022 vuosien 2020–2022 määrärahakehyksissä. Loput vähintään 0,3 miljoonaa euroa on arvioitu olevan saavutettavissa keskittämällä tuomioistuinten tehtäviä Tuomioistuinvirastoon.
Ehdotuksen mukaan eräissä laissa mainituissa keskeisissä poliittisissa luottamustehtävissä toimiva ei voisi olla Tuomioistuinviraston johtokunnan jäsen. Tarkoitus on, että tämä este koskisi myös perustettavien maakuntien valtuustojen ja hallituksen jäseniä. Näin ollen esitykseen sisältyvän tuomioistuinlain 19 a luvun 7 §:n 3 momentin sisältö on riippuvainen siitä, hyväksytäänkö eduskunnan käsiteltävänä oleva hallituksen esitys maakuntien perustamisesta ja sosiaali- ja terveydenhuollon järjestämisen uudistusta koskevaksi lainsäädännöksi sekä Euroopan paikallisen itsehallinnon peruskirjan 12 ja 13 artiklan mukaisen ilmoituksen antamiseksi (HE 15/2017 vp) esitetyllä tavalla. Esitysten yhteensovittamisesta on huolehdittava eduskuntakäsittelyssä.
Valtiovarainministeriön työryhmä on joulukuussa 2016 antanut mietintönsä valtion virkojen nimityspäätöksiä koskevan valituskiellon kumoamisesta (Valtiovarainministeriön julkaisu 41/2016). Asiaa koskeva hallituksen esitys laiksi valtion virkamieslain muuttamisesta ja eräiksi siihen liittyviksi laeiksi on eduskunnan käsiteltävänä (HE 77/2017 vp). Esityksessä ehdotetaan lisättäväksi tuomioistuinlain 23 lukuun uusi 7 §, jossa säädettäisiin muutoksenhausta virkaan tai virkasuhteeseen nimittämistä tai tehtävään määräämistä koskevaan päätökseen. Koska myös tässä esityksessä ehdotetaan lisättäväksi 23 lukuun uusi 7 §, on esitysten teknisestä yhteensovittamisesta huolehdittava eduskuntakäsittelyssä.
Esitys sisältää lakiviittauksen voimassa olevaan hallintolainkäyttölakiin (586/1996), joka on tarkoitus kumota oikeudenkäynnistä hallintoasioissa annettavalla lailla (HE 29/2018 vp). Mainitussa esityksessä ehdotetaan muun muassa, että valittaminen hallinto-oikeuden päätöksestä korkeimpaan hallinto-oikeuteen edellyttäisi valituslupaa. Jos mainittu esitys hyväksytään ja jos laki tulee voimaan ennen tässä esityksessä ehdotettuja lainmuutoksia, valitusoikeudesta hallinto-oikeuden päätöksestä korkeimpaan hallinto-oikeuteen ei olisi tarvetta säätää erikseen.