Kotimaisessa keskustelussa on arvosteltu esimerkiksi sitä, että poliittisesti johdettu ministeriö vastaa tuomioistuinlaitoksen keskushallinnosta ja rahoituksesta suoraan. Ministeriön ja tuomioistuinten väliin sijoittuvan Tuomioistuinviraston on nähty toimivan etäisyyttä luovana väliportaana, mikä osaltaan vahvistaisi tuomioistuinlaitoksen rakenteellista riippumattomuutta.
Tuomioistuinviraston perustaminen vastaisi myös valtion keskushallinnon kehittämisen periaatteita. Kuten edellä on todettu, jo pitkään on ollut tavoitteena siirtää ministeriöistä sellaisia tehtäviä, jotka eivät edellytä ministeriötason käsittelyä ja päätöksentekoa, ministeriön alaiseen hallintoon ministeriöstä erilliseen yksikköön. Tämän mukaisesti ministeriöiden tulisi keskittyä lainvalmisteluun ja muuhun valtioneuvostotason poliittisen päätöksenteon valmisteluun, hallinnonalansa strategiseen johtamiseen, toimialansa kehittämiseen sekä EU-asioihin ja muuhun kansainväliseen yhteistyöhön. Oikeusministeriön hallinnonalalla tätä kehityssuuntaa ilmentävät vuonna 2010 perustettu Rikosseuraamuslaitos, 1997 toimintansa aloittanut Valtakunnansyyttäjänvirasto ja 2010 käynnistynyt Valtakunnanvoudinvirasto. Myös valtiovarainministeriön vuonna 2015 valmistuneessa keskushallinnon virastorakennetta koskevassa selvityksessä "Yhteisillä periaatteilla kohti tulevaisuuden virastorakennetta" (VM:n julkaisuja 3/2015) on muun ohella ehdotettu, että tuomioistuinten sisäistä hallintoa, kehittämistä ja ohjaamista varten perustetaan erillinen keskusvirastona toimiva Tuomioistuinvirasto.
Tuomioistuinten valtiosääntöoikeudellisen aseman vuoksi tuomioistuinlaitoksen keskushallinnon järjestämiseen liittyy kuitenkin erityispiirteitä, jotka eivät koske muita valtionhallinnon aloja. Tuomioistuinten riippumattomuus lainkäyttöasioissa rajoittaa ministeriön ja myös keskushallintoviranomaisten mahdollisuuksia ohjata hallinnollisesti tai talousarvio-ohjauksen kautta tuomioistuinlaitoksen toimintaa verrattuna hallintoon yleensä.
Oikeuskansleri on oikeusministeriön pyynnöstä 25.5.2000 antamassaan lausunnossa (Dnro 6/20/00) kiinnittänyt huomiota tuomioistuinten lainkäyttöratkaisujen vaikuttavuuden ja sisällöllisen laadun mittaamisen vaikeuksiin ja ratkaisukohtaisesti tai muutoin yksilöidymmin toteutettujen vaikuttavuus- ja laatuarviointien ongelmallisuuteen tuomioistuinten ratkaisutoiminnan riippumattomuuden kannalta.
Tuomioistuinten riippumattomuuden vuoksi myös tuomioistuinten lainkäyttötoiminnan ja lainkäyttöpalvelujen laadullinen kehittäminen ulkoapäin on ongelmallista. Erityisviraston olisi kuitenkin mahdollista tukea tuomioistuinten toiminnan kehittämistä poliittisesti johdettua ministeriötä aktiivisemmin. Kun keskusvirasto keskittyisi pelkästään tuomioistuinten keskushallintotehtäviin, siitä muodostuisi myös vahva asiantuntija kaikissa tuomioistuinlaitosta koskevissa asioissa. Tästä asiantuntemuksesta ja osaamisesta olisi hyötyä paitsi tuomioistuimille itselleen myös poliittiselle päätöksenteolle sekä yleensäkin yhteiskunnalle.
Tuomioistuinlaitokselle eduksi olisi myös se, että oikeusministeriö voisi aiempaa tehokkaammin huolehtia sille kuuluvien valtioneuvostotason tehtävien hoitamisesta. Kun tuomioistuinlaitoksen keskushallintotehtävät keskitettäisiin ministeriöstä erilliselle asiantuntijaorganisaatiolle, oikeusministeriö voisi nykyistä paremmin keskittyä hallinnonalansa strategiseen ohjaukseen ja kehittämiseen.
Tuomioistuimissa hoidetaan monia hallinnollisia tehtäviä, joihin kuluu varsinkin pienissä tuomioistuimissa myös lainkäyttöhenkilöstön voimavaroja. Tällaisia hallinnollisia tehtäviä voitaisiin tietyiltä osin keskittää Tuomioistuinvirastoon. Monet hallintotehtävät eivät ole kuitenkaan kokonaisuudessaan siirrettävissä tuomioistuimista Tuomioistuinvirastoon, minkä vuoksi tuomioistuimet tarvitsevat myös jatkossa riittävät omat hallinnolliset voimavaransa. Tuomioistuinten hallinnollista taakkaa olisi silti mahdollista keventää luomalla Tuomioistuinvirastoon riittävästi erilaisia palvelu- ja tukitoimintoja esimerkiksi henkilöstöhallintoa ja tiedottamista varten. Virasto voisi myös kehittää ja yhtenäistää hallinnollisia käytäntöjä, millä vähennettäisiin turhaa päällekkäistä työtä.