Hallintolainkäyttölaissa ei ole säännöksiä asioiden yhdessä käsittelemisestä. Tuomioistuimessa samaan aikaan vireillä olevia asioita käsitellään kuitenkin eräissä tilanteissa yhdessä. Yhdessä käsittelemisen tarve voi perustua esimerkiksi siihen, että kyse on samoista asianosaisista, tai siihen, että asiat perustuvat saman näytön arviointiin. Toisinaan yhdessä käsittely on välttämätöntä esimerkiksi tilanteissa, joissa hakemukset kilpailevat keskenään tai valitukset kohdistuvat samaan päätökseen.
Hallintotuomioistuimissa sovelletaan hallintolainkäyttölain ohella useita muitakin yleislakeja. Näitä ovat esimerkiksi laki sähköisestä asioinnista viranomaistoiminnassa (13/2003), kielilaki (423/2003) ja laki oikeudenkäynnin julkisuudesta hallintotuomioistuimissa (381/2007).
Viranomaisella on asianosaisen valitusoikeutta koskevassa hallintolainkäyttölain 6 §:n 1 momentissa tarkoitettu valitusoikeus asianosaisena, jos päätös on kohdistettu siihen tai jos viranomainen käyttää sellaisen julkisyhteisön puhevaltaa, jonka oikeuteen, velvollisuuteen tai etuun päätös välittömästi vaikuttaa. Viranomaisella on saman pykälän 2 momentin mukaan lisäksi valitusoikeus, jos laissa niin säädetään tai jos valitusoikeus on viranomaisen valvottavana olevan julkisen edun vuoksi tarpeen.
Valitusviranomainen voi asian selvittämiseksi toimittaa esineen, kiinteistön tai muun kohteen katselmuksen. Nykyisin laissa ei ole säännöksiä katselmuksen toimittamisesta kotirauhan piiriin kuuluvissa tiloissa.
Mikäli asianosainen ei vaadi suullista käsittelyä, sitä ei lähtökohtaisesti tarvitse järjestää (EIT Juricic v. Kroatia 2011).
Kansainvälisessä vertailussa Suomen järjestelmä poikkeaa siitä, millä tavoin päätöksen tehneen hallintoviranomaisen prosessuaalinen asema on tavallisesti järjestetty muissa maissa. Niissä on tavallista, että päätöksen tehneellä viranomaisella on asianosaisasema oikeudenkäynnissä (ks. luku 2.3 Kansainvälinen kehitys). Suomessa on arvioitu, että jos viranomainen olisi prosessuaalisen vastapuolen asemassa, tämä voisi heijastua jo hallintomenettelyyn ja luoda tarpeetonta vastakkainasettelua.
Pääkäsittelyt ovat pääsääntöisesti julkisia ja suullisia. Tuomioistuin ottaa huomioon vain todistelun, joka on esitetty suullisessa käsittelyssä. Osapuolet ovat vastuussa esitetyistä oikeudellisista argumenteista ja niiden tueksi esitetystä todistelusta. Käsittelyssä noudatetaan kontradiktorista periaatetta ja vapaata todistusharkintaa. Useimmiten tuomioistuin soveltaa hallintoprosessilakia. Se muun muassa tutkii, onko asianomaista kuultu asianmukaisesti tai onko suhteellisuusperiaatetta noudatettu.